מכון הרצי"ה נוסד בשנת תשמ"ב (1982) לאחר פטירתו של מרן רה"י הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל, כדי להמשיך את המפעל הגדול שיסד במשך חייו, של הוצאתם לאור של כתבי הרא"יה קוק זצ"ל, הרב הראשי לא"י וראש הישיבה.
המכון מתנהל ע"י הרב בן ציון שפירא שליט"א ועד היום הוציא לאור למעלה משלושים ספרים של כתבי הראי"ה ושל רבני וראשי הישיבה. ביניהם: סדרת ספרי 'עין אי"ה' - ביאור של מרן הרב קוק זצ"ל על אגדות הש"ס, סדרת ספרי 'מאורות הראי"ה' - דרשות למועדים, 'אגרות לראי"ה' - אגרות של גדולי ישראל למרן הראי"ה, 'אגרות הראי"ה' ח"ד, ספרי 'תורת הלוי' - חידושים על מסכת כתובות ועל ספר החינוך מאת הרב מרדכי פרום זצ"ל, שו"ת 'מנחת אברהם' של מרן הרב אברהם שפירא זצ"ל ועוד ועוד...